Не поддерживается отладка многопоточных программ. В общем-то доступна только минимальная отладка. Зато если настроить отладку через cgi, то ее будет удобнее запускать, чем из командной строки.
ctrl+f11 - запустить программу, запущенную в предыдущий раз,
f11 - запустить отладку программы, запущенной последней.
f6 - step over (n в perl -d),
f7 - run to return (r в perl -d),
f5 - step into (s в perl -d).
Настройка параметров запуска:
Меню Run \ Run configurations... \ Perl local - настройки запуска скриптов из командной строки. Можно дописать переменные окружения, дополнительные аргументы, настроить ввод-вывод из-в файл, настроить кодировку консоли.
Меню Run \ Run configurations... \ Perl CGI - дополнительно настраиваются параметры вэб-сервера и браузера.
Во время отладки во вкладке Variables (Window \ Show View \ ...) с помощью контекстного меню можно настроить, чтобы показывались внутренние переменные perl'a (%INC и т.д.), глобальные и локальные переменные (нужен PadWalker: ppm install PadWalker). Для небольших программ можно включить подсветку изменяемых переменных, а большие от этого будут тормозить.
Вкладка Breakpoints: список breakpoint'ов, их отключение.
Во вкладке Perl expression - мгновенное выполнение вводимого кода (Window \ Show View \ Other... \ EPIC \ Perl expression, ввести код, нажать кнопку

). Работает только во время отладки.
Отладка RegExp'ов:
Открывается в Window \ Show View \ Other... \ EPIC \ RegExp. Если текст соответствует регулярному выражению, то загорится зеленая лампочка, если нет то красная. В контекстном меню можно выбирать часто используемые символы (\w, \d и т.д.)
Включить глобальные переменные во вкладке Variables: